Jim Hawkins, un garçon de quinze ans, vit paisiblement avec sa mère dans une ville portuaire. Un jour, il tombe sur un homme gravement blessé, mais il ne peut le sauver d'une mort certaine. L'homme, du nom de Billy Bones, lui remet un orbe précieux qui contient une carte. Celle-ci mène à un fabuleux trésor de pirates, le légendaire "butin des mille mondes".
Le docteur Doppler organise rapidement une expédition à bord du RLS Legacy, un magnifique galion de l'espace. Jim entreprend ce fantastique voyage comme mousse. Grâce aux conseils bienveillants de son ami John Silver, le charismatique cyborg cuisinier du navire, le jeune garçon devient un talentueux navigateur. Il affronte, avec les autres membres de l'équipage, les supernovas, les trous noirs et les terribles tempêtes du cosmos. Mais il découvre bientôt que son vieil ami Silver est en fait un pirate qui complote une mutinerie.