Phinéas et Ferb s'apprêtent à célébrer le 5ème anniversaire de Perry, leur ornithorynque de compagnie. Cette journée doit donc être inoubliable et les deux ingénieux frères mettent au point une incroyable catapulte pour améliorer le jeu du badminton, ils l'appellent "l'Ornithopulte" mais comme à son habitude, Perry disparaît subitement, appelé par le Major Monogram pour une nouvelle mission secrète. Surpris que leur ami ne soit pas là pour jouer avec eux, Phinéas et Ferb continuent malgré tout à s'amuser et se glissent dans leur catapulte qui les envoie directement... au cœur de l'organisation du mal du terrible Docteur, la "Doofenschmirtz Maléfique Anonyme".