BioWare avait déjà eu des idées pour l'histoire de Sonic Chronicles 2, mais la suite ne s'est jamais concrétisée. Cependant, le concepteur principal Miles Holmes dévoile des détails sur ce que le studio avait en tête pour l'histoire. Holmes a fait part de ce qui suit lors d'une interview avec Did You Know Gaming :

« Pour reprendre le suspense, [Sonic et ses amis] reviennent et le monde est maintenant celui d'Eggman, n'est-ce pas ? C'est un peu l'ambiance de Retour vers le futur 2. Nous avons parlé de Skynet dans Terminator 2, quand vous pouvez voir le futur, quand vous pouvez voir d'où vient Kyle Reece, mais là, tout appartient à Eggman. Dans ce cas, Eggman, sans être contrôlé par Sonic, a pu faire ce qu'il a toujours voulu faire et refaire le monde à son image.

Une grande partie de la population a été rassemblée et est devenue prisonnière, esclave ou autre. Vous avez les machines d'Eggman dans un futur Terminator très dystopique. Une partie de cela aurait été le plaisir d'aller sur des sites célèbres et de les voir refaits dans le style d'Eggman, comme aller à Paris et voir l'équipement d'Eggman sur la Tour Eiffel, la regardant avec un gros œil ou quelque chose comme ça [...] ».

Une grande partie de Sonic Chronicles 2 aurait consisté à libérer des populations pour construire une armée afin de prendre d'assaut la base d'Eggman et de rétablir l'ordre dans le monde. Mais lorsque les joueurs arrivent à ce stade, vers la fin du jeu, Argus, un méga-dieu annoncé dans le premier jeu, apparaît. Sonic et Eggman font alors équipe pour le vaincre.

Dans le passé, Argus a parcouru l'univers et enfermé des races entières qui pouvaient représenter une menace pour son existence. En effet, un oracle lui avait prédit qu'il mourrait de la main d'un mortel. Cependant, il sera démontré dans Sonic Chronicles 2 que la « prophétie » n'était qu'une ruse. Tout ce qui concerne l'oracle pourrait se retrouver dans des jeux ultérieurs, mais comme nous le savons, SEGA et BioWare n'ont jamais dépassé le premier jeu.

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Quant à savoir pourquoi il n'y a pas eu de suite, des problèmes juridiques pourraient être à l'origine de cette situation. L'ancien scénariste en chef d'Archie, Ken Penders, a intenté un procès, car il estimait que certains personnages étaient trop semblables à ses créations dans les bandes dessinées d'Archie. L'affaire de Penders a été rejetée à plusieurs reprises, mais il a fallu attendre quelques années pour que la situation soit résolue.

Sonic Chronicles: The Dark Brotherhood est un jeu vidéo de rôle développé par BioWare et édité par Sega. Il est sorti sur la console Nintendo DS en 2008. Le jeu est unique dans la série Sonic, car il s'agit du seul jeu de rôle mettant en scène le hérisson bleu et ses amis.

L'intrigue de Sonic Chronicles: The Dark Brotherhood se déroule dans un univers où Eggman, l'ennemi juré de Sonic, a été vaincu. Cependant, une mystérieuse confrérie appelée la « Dark Brotherhood » émerge, composée de créatures extraterrestres connues sous le nom de Nocturnus. Ces Nocturnus cherchent à réveiller leur ancien leader, l'Étranger, et à conquérir le monde. Le joueur contrôle Sonic et ses alliés, qui comprennent Tails, Knuckles, Amy, Rouge, Cream et bien d'autres. Le jeu utilise une combinaison d'exploration, de combats au tour par tour et de résolution d'énigmes pour avancer dans l'histoire. Chaque personnage a ses propres compétences et capacités spéciales, ce qui permet au joueur de former une équipe stratégique pour affronter les ennemis.

Les combats se déroulent au tour par tour, où le joueur peut sélectionner différentes actions telles qu'attaquer, utiliser des compétences spéciales, se défendre ou utiliser des objets. Les combats nécessitent une certaine stratégie, car il est important de bien choisir les actions pour exploiter les faiblesses des ennemis.

Le jeu propose également des quêtes secondaires et des interactions avec d'autres personnages de l'univers de Sonic. Les choix effectués par le joueur peuvent avoir un impact sur le déroulement de l'histoire et débloquer des éléments bonus. Sonic Chronicles: The Dark Brotherhood a reçu des critiques généralement positives pour son gameplay unique et son histoire captivante. Cependant, le jeu a par ailleurs été critiqué pour sa durée de vie relativement courte et certains problèmes techniques.

Pour ceux qui n'ont jamais joué à Sonic Chronicles : The Dark Brotherhood sur DS, ce jeu se terminait sur un cliffhanger. La suite aurait repris là où les choses s'étaient arrêtées, avec Eggman prenant le contrôle du monde, et BioWare avait prévu certains points de l'intrigue qui auraient laissé la porte ouverte à d'autres jeux.