http://www.planet-libre.org/?post_id=15435

Essayé et approuvé.
Je reprends le texte ici puisque l'article original n'est pas disponible :

Les média amovibles ont longtemps posé des problèmes de conscience pour les libristes. Ils obligeaient en effet à utiliser le système de fichiers FAT de microsoft, qui est cribé de brevets.

Les (nombreux) systèmes de fichiers libres sont d'excellente qualité, mais ils sont tous conçus pour des systèmes de type UNIX. C'est à dire qu'ils intègrent le concept de droits d'accès et de propriétaire, ce qui les rend ennuyeux à utiliser sur un média amovible. Qui plus est ils ne sont pas disponibles sur Windows ou Mac OS.

Heureusement, il reste UDF. UDF a été originellement conçu pour les CDs et DVDs, mais on peut l'utiliser sur n'importe quel dispositif de stockage. Et il est supporté à merveille par Linux, Windows (depuis Vista, XP en lecture seule) et Mac OS.

Pour formatter votre clé USB en UDF, il faut installer le paquet udftools sur Debian et Ubuntu, puis formatter la clé ainsi:

$ sudo dd if=/dev/zero of=/dev/sdf bs=1M count=1
$ sudo mkudffs --media-type=hd --blocksize=512 --vid=CLE --vsid=CLE --fsid=CLE /dev/sdf

La première commande détruit la table des partitions MSDOS. En effet, lorsqu'on formatte en UDF, le premier secteur est laissé intact, et cela peut poser problème pour monter la clé USB plus tard.