La physique veut que l'air froid descende et l'air chaud monte. Il faut donc placer les composants en conséquence.
La configuration standard avec un seul ventilateur à l'arrière en haut, n'est pas vraiment satisfaisante, il manque des ventilateurs en aspiration en facade ou sur le coté (n'oubliez pas les filtres à air).
Voici les flux d'air d'un boitier correctement ventilé, avec les flux d'air entrant en bleu et sortant en rouge :

On recommandera de placer les disques durs en bas du boîtier, face aux ventilateurs en aspiration.
Pour ce qui est de l'alimentation qui, elle aussi, dégage de la chaleur, cela va dépendre de votre boîtier. Les boîtiers dont l'alimentation est située en bas sont préférables, car l'absence de l'alimentation en haut du boîtier donne la possibilité d'un ou 2 ventilateurs en extraction en haut du boîtier, et ca évite l'emballement du ventilateur de l'alimentation quand les composants "chauds" (carte graphique, CPU) sont sollicités.
Voici un exemple de flux d'air dans un boitier avec alimentation en bas :

Cette disposition permet de davantage évacuer la chaleur du PC, car ces ventilateurs d'extraction en haut vont dans le sens de la circulation naturelle de l'air chaud, de bas en haut.